先日、一時的に grub.conf の default 値を変更したのを忘れていました。
で、再起動したら古いカーネルになったと。

最新版のカーネルに戻したら、Auto-Neg. でギガビットになりました。Buffalo さんゴメンナサイ。

誰かの参考になるかもしれないので（OS は CentOS 5.2 (x86_64) です）:
r8169 が Gigabit でリンクアップできなかった Kernel: 2.6.18-92.1.13.el5
r8169 が Gigabit でリンクアップできた Kernel: 2.6.18-92.1.22.el5

クォータとか、そういうレベルじゃないですね。

bash-2.05a$ /usr/bin/df
Filesystem           1K-blocks      Used Available Use% Mounted on
/dev/sda3            155519076 147619116         0 100% /
/dev/sda1               101089     22802     73068  24% /boot
none                   1034312         0   1034312   0% /dev/shm
/dev/shm                 65536         0     65536   0% /mnt/ram
/dev/shm                 65536         0     65536   0% /mnt/ram2

…先手を打って Namazu のインデックス更新 cron スクリプトを止めましたよ。

cf. 三か月前の様子。

諸事情で ifrename を設定してあったので、/etc/iftab で eth0 と eth1 を入れ替えてから、

/etc/init.d/network stop; /etc/init.d/ifrename start; /etc/init.d/network start

っと、瞬時に NIC を入れ替え。ダウンタイム 0 で Gigabit になった！

あとで考えること/調べることメモ

* あるライブラリが GPL でリリースされているとき、そのライブラリを動的にロードするプログラムは GPL でリリースされる必要がある。これは、GPL が、ライブラリそれ自体ではなく、ライブラリの公開関数定義群（API）に対して創作性を認めているということか？

マシンの再起動後、スイッチの LED が「100M」で点灯していたので、あれっと思ってケーブルを差し直したら、dmesg に

r8169: eth0: link down
r8169: eth0: link up

…というのが 50 回繰り返して記録された。そして結局リンクアップできなくなった…。

Buffalo のスイッチと相性が悪いのかな？

追記
どうも NIC の問題っぽい。他のマシンに差してみて、問題が出たら修理依頼かな。型番は Buffalo の LGY-PCI-GT で、Realtek の RTL-8169 の OEM 品。

追記
100 Mbps / Full でリンクアップはできるようになった。これは bonding 構築フラグ？（むしろ安い NIC を買うなと）