先日、一時的に grub.conf の default 値を変更したのを忘れていました。
で、再起動したら古いカーネルになったと。

最新版のカーネルに戻したら、Auto-Neg. でギガビットになりました。Buffalo さんゴメンナサイ。

誰かの参考になるかもしれないので（OS は CentOS 5.2 (x86_64) です）:
r8169 が Gigabit でリンクアップできなかった Kernel: 2.6.18-92.1.13.el5
r8169 が Gigabit でリンクアップできた Kernel: 2.6.18-92.1.22.el5