EC2 の Delete on Termination (EC2 インスタンスを削除する際に EBS も一緒に削除する) 設定は、マネジメントコンソールからは変更できず不便ですね。
aws コマンドを使うとサクッと変更できます。

aws ec2 modify-instance-attribute \
  --instance-id "i-xxxxxxx" \
  --block-device-mappings '[{"DeviceName":"/dev/sda1", "Ebs":{"DeleteOnTermination": false}}]'

インスタンス自体に aws コマンドが入っている場合はインスタンスメタデータを使うと便利。

aws ec2 modify-instance-attribute \
  --instance-id "$(curl http://169.254.169.254/latest/meta-data/instance-id)" \
  --block-device-mappings '[{"DeviceName":"/dev/sda1", "Ebs":{"DeleteOnTermination": false}}]'