Fit-PC2i で Watchdog を使用する方法は以下の通り。環境は Ubuntu Server 12.04 LTS (i386)。
なお、Fit-PC2i 用の Watchdog ドライバ (sbc_fitpc2_wdt) はカーネルのメインラインに取り込まれており、Ubuntu / RHEL 6 ともインストール不要で利用できます。

まず、パッケージをインストールします。

sudo apt-get install watchdog

次に、/etc/default/watchdog と /etc/watchdog.conf を設定。

sudo perl -pi -e 's|^(watchdog_module)=".+"$|$1="sbc_fitpc2_wdt"|' /etc/default/watchdog
sudo perl -pi -e 's|^#(watchdog-device\s+)|$1|' /etc/watchdog.conf

今回のユースケースでは wd_keepalive があれば機能十分だったので、watchdog の自動起動は無効化。

sudo update-rc.d watchdog disable

ここまで完了したら BIOS で Watchdog を有効にします (自分はタイマーを 60 秒に調整しています)。reboot して、OS が落ちなければできあがり。