複数の Google アカウントにマルチログインしている場合、Google Reader を普通にブックマークに登録すると、常に最初のアカウントのフィード内容を表示してしまいます。このため、Google Reader 用に使いたいアカウントが別の（例えば、Google Apps の）アカウントの場合は、毎回右上のメニューからアカウントの切り替えを行う必要があります。

この問題を回避するためには、Google Reader のブックマークの URL に ?authuser=N を付加します。最初のアカウントは N = 0 で、次のアカウントは N = 1 になるようです。例えば、2 番目のアカウントに登録されている内容を表示したい場合は このような URL になります。

(追記)
?authuser には番号だけではなく、アカウント名 (username@domain.example.com) を指定することもできるようです。