yum update は手動が良いかもしれない @ CentOS 5.3 の件。

yum update で python, python-devel のアップデートに失敗する | futuremix という記事を書かれている方がいらっしゃいました。

RHN で検索してみたところ、yum-metadata-parser bug fix update: rhn.redhat.com | Red Hat Support がありました。確かに、特定の状況下で「dependency resolution failures when attempting to upgrade packages」（パッケージをアップグレードする際の依存性解決に失敗する）とありました。
残念ながら CentOS ではまだアップデート版が提供されていないようです。

自分も、自宅のサーバに加え、yum-cron を使っていたプロダクション環境のサーバで 1 台、squirrelmail (の依存性のために php (の依存性のために httpd)) が勝手に入ってしまい、焦ってしまいました。
yum-cron なり yum-updatesd なりを使われている方は、一度ログをチェックしてみた方が良いかも知れないですね。