コマンドライン大好きな人なら泣いて喜ぶ（たぶん）、SMB 共有で Time Machine する方法。
使用したい SMB 共有をマウントして、DESTINATION に指定。

DESTINATION="/Volumes/TimeMachine"
HOSTNAME="$(hostname -s)"
MACADDR="$(ifconfig en0 | grep ether | cut -d ' ' -f2 | tr -d ':')"
IMAGENAME="${HOSTNAME}_${MACADDR}.sparsebundle"
cd
hdiutil create -size "100m" -layout "GPTSPUD" -fs "Journaled HFS+" \
      -volname "Time Machine for ${HOSTNAME}" -type SPARSEBUNDLE -nospotlight "${IMAGENAME}"
cp -R "${IMAGENAME}" "${DESTINATION}"
rm -f "${DESTINATION}/._${IMAGENAME}"
defaults write com.apple.systempreferences TMShowUnsupportedNetworkVolumes 1

あとは、システム環境設定で DESTINATION に指定した SMB 共有を Time Machine ディスクに指定するだけ。Enjoy!

(追記: 2010-12-13)
Snow Leopard から、イメージ名が「コンピュータ名.sparsebundle」に変更になったようです（Leopard からアップグレードして使っていたので、気づきませんでした）。

(追記: 2010-12-22)
Snow Leopard でも、上記手順で作成する際は「ホスト名_MAC アドレス」形式で良いようです。また、"UNIVERSAL HD" を "GPTSPUD" に改めました。またサイズは自動的に拡張されるため 100m に固定しました。