ちょっと気になったので調べてみました。日本語版 Windows XP SP2 / iTunes 7.3.2 で試しています。
追記：レイアウトが面倒なので表が汚いのはご勘弁ください。。。

書き込み	USLT(*)	Encoding
Explorer	jpn	Shift_JIS
iTunes	eng	UTF-16

読み込み	USLT(*)	Encoding
Explorer	jpn	自動認識？（BOM で認識？）
iTunes	不定 (ファイルの最後に見つかったもの)	自動認識？（Shift_JIS / UTF-16 は読める模様）

(*) USLT = Unsynchronised lyric/text transcription

簡単に言うと、Explorer で書き込んだ歌詞は iTunes で読めるが、iTunes で書き込んだ歌詞は Explorer で読めない。
ということは、もしかすると英語版 Windows なら iTunes で書き込んだ歌詞も読めるかも？機会があったら試してみたいところです。

さらに、次のようなことが分かりました。

• Explorer で歌詞を設定すると、その歌詞が ID3 タグの最後に移動する（だから iTunes から読める）。
• 上記の理由により、既に iTunes で歌詞が設定されている状態で、Explorer から歌詞を設定すると、iTunes からは元の歌詞が読めなくなる（Explorer で歌詞を削除すれば、再度 iTunes で設定していた歌詞に戻る）。
• Explorer で歌詞を設定すると、iTunes が UTF-16 で書き込んでいた歌詞が Shift_JIS に変換されて格納される。

追記（2007.08.07）：S.A Studio さんから教えていただいたところによると、Explorer の読み込みは ID3v2 優先・書き込みは ID3v1 / ID3v2 両方、となっているそうです。